23 ธ.ค. 2562 ที่ประชุมวุฒิสภาลงมติให้ความเห็นชอบนายปกรณ์ นิลประพันธ์ ให้ดำรงตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกา (ตามมาตรา 63 วรรคสาม แห่งพระราชบัญญัติคณะกรรมการกฤษฎีกา พ.ศ. 2522 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติคณะกรรมการกฤษฎีกา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2522) ด้วยคะแนนเสียง ให้ความเห็นชอบ 189 เสียง ไม่ให้ความเห็นชอบ 1 เสียง ไม่ออกเสียง 9 เสียง

ผลการออกเสียงลงคะแนนปรากฏว่า นายปกรณ์ นิลประพันธ์ ได้รับความเห็นชอบด้วยคะแนนเสียงข้างมากของจำนวนสมาชิกที่มาใช้สิทธิลงคะแนนให้ดำรงตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกา

ก่อนหน้านี้ นายปกรณ์เคยดำรงตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.), ผู้อำนวยการสำนักงานขับเคลื่อนการปฏิรูปประเทศ ยุทธศาสตร์ชาติ และการสร้างความสามัคคีปรองดอง (สำนักงาน ป.ย.ป.) และรองผู้อำนวยการ สำนักงานบริหารนโยบายของนายกรัฐมนตรี

ส่วนปี 2558 - 2561 ดำรงตำแหน่งรองเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกา สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา และรับตำแหน่งกรรมการอิสระ / กรรมการตรวจสอบของบริษัท พีทีที โกลบอล เคมิคอล จำกัด (มหาชน) หรือ จีซี เมื่อเดือน เม.ย.2561